Genotypic characterization and clonal relatedness of metallo-ß-lactamase-producing non-fermentative gram negative bacteria in the first 5 years of their circulation in Paraguay (2011-2015).

Pseudomonas aeruginosa and species of Acinetobacter calcoaceticus-baumanii complex are multiresistant intrahospital opportunistic pathogens, able to acquire carbapenemases and produce outbreaks with high morbidity and mortality. Pseudomonas putida has also emerged with similar characteristics. The aim of this research was to characterize the Metallo-ß-lactamases (MBLs) detected by surveillance in Paraguay in the first 5 years of their circulation in hospitals. The coexistence of KPC and OXA-type carbapenemases was also investigated. 70 MBL-producing strains from inpatients were detected from clinical samples and rectal swab from 11 hospitals. The strains were identified by manual, automated, and molecular methods. Antimicrobial susceptibility was studied by Kirby-Bauer and automated methods, while colistin susceptibility was determined by broth macrodilution. MBLs were investigated by synergy with EDTA against carbapenems and PCR, and their variants by sequencing. KPC and OXA-carbapenemases were investigated by PCR. Clonality was studied by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). The results demonstrated the circulation of blaVIM-2 (60%), blaNDM-1 (36%), and blaIMP-18 (4%). The MBL-producing species were P. putida (45.7%), P. aeruginosa (17.2%), A. baumannii (24.3%), A. pittii (5.7%), A. nosocomialis, (4.3%) A. haemolyticus (1.4%), and A. bereziniae (1.4%). PFGE analysis showed one dominant clone for A. baumannii, a predominant clone for half of the strains of P. aeruginosa, and a polyclonal spread for P. putida. In the first 5 years of circulation in Paraguay, MBLs were disseminated as unique variants per genotype, appeared only in Pseudomonas spp. and Acinetobacter spp., probably through horizontal transmission between species and vertical by some successful clones.

Primer reporte de Enterobacterales dobles productores de carbapenemasas en hospitales de Paraguay. Año 2021

RESUMEN Las carbapenemasas se encuentran ampliamente distribuidas en nuestro país, tanto en bacilos gramnegativos fermentadores como no fermentadores. Durante 2021, se ha reportado incremento de cepas con estas enzimas. Con el objetivo de evaluar la doble producción de carbapenemasas en Enterobacterales y comunicar su circulación, fue puesta a punto una PCR convencional múltiple. Estudio retrospectivo en 128 aislamientos provenientes de 20 centros colaboradores de la Red Nacional de Vigilancia de la RAM (Capital, Central e interior del país), remitidos al LCSP entre febrero y setiembre de 2021, para confirmación y genotipificación de carbapenemasas. Se realizaron pruebas fenotípicas y colorimétricas con sustratos específicos, y pruebas genotípicas (PCR convencional múltiple) para la detección simultánea de varios genes de resistencia (bla NDM, bla KPC, bla OXA-48-like, bla IMP y bla VIM). De los 128 aislamientos estudiados, 107 correspondieron a Klebsiella pneumoniae, 14 a Enterobacter cloacae complex, entre otros; aislados en mayor frecuencia de muestras de orina (30%), respiratorias (30%), sangre y catéter (24%). Los genes de resistencia a los carbapenemes detectados fueron: bla NDM (77,3%), bla KPC (17,2%); siendo confirmada la doble producción de carbapenemasas en 7 aislamientos (5,5%) provenientes de 4 centros diferentes de la capital de país y uno de Central; 6 de ellas (K. pneumoniae) con bla NDM+bla KPC y 1 (E. cloacae complex) con bla NDM+bla OXA-48-like; confirmando circulación de Enterobacterales dobles productores de carbapenemasas en el país (KPC+NDM y OXA+NDM); hallazgos que obligan a proveer de capacidades de detección, de manera a que se puedan tomar medidas oportunas y eficaces de contención y control.

ABSTRACT Carbapenemases are widely distributed in our country, both in fermenting and non-fermenting gram-negative bacilli. During 2021, an increase in strains with these enzymes has been reported. In order to evaluate the double production of carbapenemases in Enterobacterales and communicate their circulation, a multiple conventional PCR was set up. Retrospective study carried out in 128 isolates from 20 collaborating centers of the National AMR Surveillance Network (Capital, Central and interior of the country), sent to the LCSP between February and September 2021, for confirmation and genotyping of carbapenemases. Phenotypic and colorimetric tests were performed with specific substrates, as well as genotypic tests (multiple conventional PCR) for the simultaneous detection of several resistance genes (blaNDM, blaKPC, blaOXA-48-like, blaIMP and blaVIM). Of the 128 isolates studied, 107 corresponded to Klebsiella pneumoniae, 14 to Enterobacter cloacae complex, among others; isolated in higher frequency from urine (30%), respiratory (30%), blood and catheter (24%) samples. The genes for resistance to carbapenems detected were: blaNDM (77.3%), blaKPC (17.2%); the double production of carbapenemases was confirmed in 7 isolates (5.5%) from 4 different centers in the capital of the country and one in Central; 6 of them (K. pneumoniae) with blaNDM + blaKPC and 1 (E. cloacae complex) with blaNDM + blaOXA-48-like; confirming circulation of double Enterobacterales producers of carbapenemases in the country (KPC + NDM and OXA + NDM); findings that require the provision of detection capabilities, so that timely and effective containment and control measures can be taken.

[Identification and susceptibility profile of Candida species isolated from hemocultures in hospitals in ParaguayIdentificação e perfil de sensibilidade de Candida spp. isoladas de hemoculturas em hospitais no Paraguai]. / Identificación y perfil de sensibilidad de Candida spp. aisladas de hemocultivos en hospitales de Paraguay.

OBJECTIVE: To report the species identified in candidemia isolated in hospitals in Paraguay, their distribution by age groups, and their susceptibility to fluconazole, voriconazole, and amphotericin B. METHODS: Retrospective study of candidemia reported to the Central Health Public Laboratory by seven hospitals between 2010 and 2018. Identification and susceptibility testing were performed using the automated Vitek 2® system. RESULTS: 520 cases of candidiasis were reported. The prevalent species were Candida albicans (34.4%), C. parapsilosis (30.4%), C. tropical (25.4%), C. glabrata (4.8%), and C. krusei (2.1%). Less frequent species were: C. lusitaniae (1.2%), C. guilliermondii (1%), C. famata (0.3%), C. rugous (0.2%), and C. kefyr (0.2%). Candidiasis was most prevalent in the elderly (48.5%) and adults (29.9%). C. parapsilosis was most frequent in newborns and infants, and C. tropical in pediatric patients; 2.8% and 0.6% of C. albicans and 4.4% and 2.5% of C. parapsilosis were resistant, respectively, to fluconazole and voriconazole; 8% of C. glabrata were resistant to fluconazole and two isolations showed a minimum inhibitory concentration for voriconazole greater than 0.25 mg/L. CONCLUSIONS: This is the first report on candidemias in hospitals of Paraguay. Together with other studies, it will improve knowledge about this infection in the country.

OBJETIVO: Relatar as espécies identificadas em candidemias isoladas em hospitais do país, apresentar a sua distribuição por faixa etária e determinar a sua sensibilidade ao fluconazol, voriconazol e anfotericina B. MÉTODOS: Estudo retrospectivo de candidemias notificadas por sete hospitais ao Laboratório Central de Saúde Pública no período de 2010 a 2018. A identificação e o antifungigrama foram realizados pelo sistema automatizado Vitek®2. RESULTADOS: Foram notificados 520 casos de candidemia. As espécies predominantes foram Candida albicans (34,4%), C. parapsilosis (30,4%), C. tropicalis (25,4%), C. glabrata (4,8%) e C. krusei (2,1%). Outras espécies menos frequentes foram: C. lusitaniae (1,2%), C. guilliermondii (1%), C. famata (0,3%), C. rugosa (0,2%) e C. kefyr (0,2%). As candidemias em pacientes idosos (48,5%) e adultos (29,9%) foram as mais prevalentes. C. parapsilosis foi a espécie mais frequente em recém-nascidos e lactentes, e C. tropicalis predominou em pacientes pediátricos. Ao todo, 2,8% e 0,6% dos casos de C. albicans e 4,4% e 2,5% dos de C. parapsilosis foram resistentes a fluconazol e voriconazol, respectivamente. Além disso, 8% dos casos de C. glabrata foram resistentes ao fluconazol, e duas amostras isoladas apresentaram uma concentração inibitória mínima para voriconazol acima de 0,25 mg/L. CONCLUSÕES: Este é o primeiro estudo sobre candidemias em hospitais do Paraguai, o que, juntamente com outros estudos, permitirá conhecer melhor esta infecção no país.

Identificación y perfil de sensibilidad de Candida spp. aisladas de hemocultivos en hospitales de Paraguay

[RESUMEN]. Objetivo. Reportar las especies identificadas en candidemias aisladas en hospitales del país, su distribución según los grupos etarios y determinar la sensibilidad a fluconazol, voriconazol y anfotericina B. Métodos. Estudio retrospectivo de candidemias reportados por siete hospitales al Laboratorio Central de Salud Pública en el período 2010 - 2018. La identificación y el antifungigrama fueron realizados en el sistema automatizado Vitek®2. Resultados. Se informaron 520 casos de candidemias. Las especies prevalentes fueron Candida albicans (34,4%), C. parapsilosis (30,4%), C. tropicalis (25,4%), C. glabrata (4,8%), C. krusei (2,1%). Otras menos frecuentes fueron: C. lusitaniae (1,2%), C. guilliermondii (1%), C. famata (0,3%), C. rugosa (0,2%) y C. kefyr (0,2%). Las candidemias en ancianos (48,5%) y adultos (29,9%) fueron las más prevalentes. C. parapsilosis fue más frecuente en recién nacidos y lactantes y C. tropicalis en pacientes pediátricos. El 2,8 % y 0,6% de C. albicans y el 4,4% y 2,5% de C. parapsilosis fueron resistentes a fluconazol y voriconazol, respectivamente. El 8% de C. glabrata fue resistente a fluconazol y dos aislamientos presentaron una concentración inhibitoria mínima para voriconazol mayor que 0,25 mg/L. Conclusiones. Este es el primer reporte de candidemias en hospitales de Paraguay que, junto a otros estudios, permitirá un mejor conocimiento de esta infección en el país.

[ABSTRACT]. Objective. To report the species identified in candidemia isolated in hospitals in Paraguay, their distribution by age groups, and their susceptibility to fluconazole, voriconazole, and amphotericin B. Methods. Retrospective study of candidemia reported to the Central Health Public Laboratory by seven hospitals between 2010 and 2018. Identification and susceptibility testing were performed using the automated Vitek 2® system. Results. 520 cases of candidiasis were reported. The prevalent species were Candida albicans (34.4%), C. parapsilosis (30.4%), C. tropical (25.4%), C. glabrata (4.8%), and C. krusei (2.1%). Less frequent species were: C. lusitaniae (1.2%), C. guilliermondii (1%), C. famata (0.3%), C. rugous (0.2%), and C. kefyr (0.2%). Candidiasis was most prevalent in the elderly (48.5%) and adults (29.9%). C. parapsilosis was most frequent in newborns and infants, and C. tropical in pediatric patients; 2.8% and 0.6% of C. albicans and 4.4% and 2.5% of C. parapsilosis were resistant, respectively, to fluconazole and voriconazole; 8% of C. glabrata were resistant to fluconazole and two isolations showed a minimum inhibitory concentration for voriconazole greater than 0.25 mg/L. Conclusions. This is the first report on candidemias in hospitals of Paraguay. Together with other studies, it will improve knowledge about this infection in the country.

[RESUMO]. Objetivo. Relatar as espécies identificadas em candidemias isoladas em hospitais do país, apresentar a sua distribuição por faixa etária e determinar a sua sensibilidade ao fluconazol, voriconazol e anfotericina B. Métodos. Estudo retrospectivo de candidemias notificadas por sete hospitais ao Laboratório Central de Saúde Pública no período de 2010 a 2018. A identificação e o antifungigrama foram realizados pelo sistema automatizado Vitek®2. Resultados. Foram notificados 520 casos de candidemia. As espécies predominantes foram Candida albicans (34,4%), C. parapsilosis (30,4%), C. tropicalis (25,4%), C. glabrata (4,8%) e C. krusei (2,1%). Outras espécies menos frequentes foram: C. lusitaniae (1,2%), C. guilliermondii (1%), C. famata (0,3%), C. rugosa (0,2%) e C. kefyr (0,2%). As candidemias em pacientes idosos (48,5%) e adultos (29,9%) foram as mais prevalentes. C. parapsilosis foi a espécie mais frequente em recém-nascidos e lactentes, e C. tropicalis predominou em pacientes pediátricos. Ao todo, 2,8% e 0,6% dos casos de C. albicans e 4,4% e 2,5% dos de C. parapsilosis foram resistentes a fluconazol e voriconazol, respectivamente. Além disso, 8% dos casos de C. glabrata foram resistentes ao fluconazol, e duas amostras isoladas apresentaram uma concentração inibitória mínima para voriconazol acima de 0,25 mg/L. Conclusões. Este é o primeiro estudo sobre candidemias em hospitais do Paraguai, o que, juntamente com outros estudos, permitirá conhecer melhor esta infecção no país.

El tratamiento de la cistitis aguda no complicada de la mujer en la comunidad ¿es un problema resuelto en el país?

RESUMEN Introducción: la práctica de la Medicina enfrenta frecuentemente al manejo de pacientes del sexo femenino con infección de vías urinarias no complicada, en las que se necesita iniciar un tratamiento empírico para Escherichia coli, basado en la identificación de los llamados antibióticos de primera línea para dicho germen y en el conocimiento de la resistencia local a los mismos. Objetivos: analizar los textos de Medicina Interna, Nefrología, Microbiología, guías internacionales y otras publicaciones recientes para identificar los antibióticos como los de primera línea para el tratamiento de la cistitis aguda no complicada en la mujer: nitrofurantoína, fosfomicina, cotrimoxazol (trimetoprim-sulfametoxazol) y pivmecillinam. Resultados: de los antibióticos mencionados sólo están disponibles en el país la nitrofurantoína y el cotrimoxazol. En un estudio que hemos publicado recientemente se encontró que la resistencia de Escherichia coli a la nitrofurantoína fue 4% y al cotrimoxazol fue del 35%. Conclusión: de los antibióticos considerados de primera línea para el tratamiento empírico de la cistitis aguda no complicada en la mujer, solo tenemos disponible en el país la nitrofurantoína y el cotrimoxazol, siendo baja (4%) la resistencia local de Escherichia coli a la nitrofurantoina y elevada (35%) al cotrimoxazol.

ABSTRACT Introduction: The practice of medicine frequently faces the management of female patients with uncomplicated urinary tract infection, in which an empirical treatment for Escherichia coli is needed, based on the identification of the so-called first-line antibiotics for this germ and in the knowledge of local resistance to them. Objectives: To analyze the texts of Internal Medicine, Nephrology, Microbiology, international guidelines and other recent publications to identify the following antibiotics as those of first line for the treatment of uncomplicated acute cystitis in women: nitrofurantoin, fosfomycin, cotrimoxazole (trimethoprim -sulfamethoxazole) and pivmecillinam. Results: Of the above mentioned antibiotics, only nitrofurantoin and cotrimoxazole are available in Paraguay. In a study we recently published it was found that the resistance of E. coli to nitrofurantoin was 4% and to cotrimoxazole 35%. Conclusion: Of the antibiotics considered as of first line for the empirical treatment of uncomplicated acute cystitis in women, only nitrofurantoin and cotrimoxazole are available in the country, being low (4%) the local resistance of E. coli to nitrofurantoin and high (35%) to cotrimoxazole.

Tuberculosis miliar con afectación pulmonar y articular

Se presenta un paciente de sexo masculino que consulta por dolor e impotencia funcional de cadera izquierda. Con los estudios radiográficos se decide una artrodesis coxofemoral y en el acto quirúrgico aparece una secreción con grumos blanquecinos donde se detectan bacterias positivas al Ziehl-Neelsen. La radiografía de tórax muestra un infiltrado miliar difuso en lóbulos superiores y senos costofrénicos libres. Recibe tratamiento antibacilar. El GeneXpert detecta Mycobacterium tuberculosis sin resistencia a rifampicina y en el líquido articular se aisla Mycobacterium tuberculosis utilizando el Método Automatizado Bactec MGIT TM320. El diagnóstico de tuberculosis extrapulmonar por técnicas moleculares y métodos automatizados acelera el desarrollo de micobacterias y permite confirmar la sospecha diagnóstica para una rápida y eficaz intervención terapéutica del paciente.

A male patient comes and consulted for pain and functional impotence of the left hip. With radiographic studies, a hip arthrodesis is decided during surgery and a discharge appears whitish lumps presenting a report Ziehl Neelsen Positive (+). The x- ray shows a diffuse miliary infiltrates in the upper lobes and free costophrenic breasts. He received Antibaciliar treatment. The GeneXpert detects Mycobacterium tuberculosis and rifampin resistance without in joint fluid is isolated Mycobacterium tuberculosis using the automated BACTEC MGIT TM320. The diagnosis of extrapulmonary tuberculosis by molecular techniques and automated methods accelerates the development of mycobacteria and confirm what has been suspected .The diagnosis allows a quick and effective therapeutic intervention.

Detección molecular de belactamasas de espectro extendido (BLEE) en enterobacterias aisladas en Asunción / Molecular detection of extended spectrum beta-lactamase (esbl) in enterobacteria isolated in Asunción

Las betalactamasas de espectro extendido (BLEE), son enzimas responsables de la hidrólisis del anillo betalactámico de penicilinas y cefalosporinas, excepto carbapemenes, inhibiendo así su actividad terapéutica. Si bien es posible la detección fenotípica de este mecanismo de resistencia por métodos convencionales, sólo los métodos moleculares permiten la identificación del gen responsable de dicha resistencia. El objetivo de este estudio descriptivo retrospectivo fue identificar los genes blaCTX-M2, blaPER-2, blaSHV y blaTEM, en aislamientos de enterobacterias productoras de BLEE,; de muestras clínicas colectadas entre julio 2007 y abril 2008, provenientes de dos hospitales de referencia de Asunción, Paraguay. La detección molecular de los genes se realizó por reacción en cadena de la polimerasa empleando oligonucleótidos específicos. De los 232 aislados BLEE analizados, el 83% (n=192) portó al menos un gen bla, en el 17% (n=40) restante no fue detectado ninguno de los genes incluido en el estudio. Se observaron las siguientes frecuencias: 49% (94/192) blaCTX-M2, 45% (86/192) blaSHV, 40% (77/192) blaTEM y 7% (13/192) blaPER-2. En el 47% (90/192) se detectó más de un gen, siendo la combinación blaCTX-M2+blaTEM+blaSHV, la más frecuente observada en 32 aislados. El blaCTX-M2 como el gen más frecuente en este estudio; concuerda con lo reportado en nuestro país y en Argentina. Este es el primer reporte de la presencia de blaTEM y blaSHV en Paraguay. Es de gran importancia el estudio de otros genes codificantes de resistencia, considerando la emergencia de otras BLEE en la región como blaCTX-M15 con actividad predominantemente ceftazidimasa.

Extended spectrum beta-lactamases (ESBLs), are enzymes responsible for thehydrolysis of the beta-lactam ring and resistance to both cephalosporins and penicillins,except carbapenems, therefore inhibiting its therapeutics activity. Even though, detectionof the phenotypic resistance mechanism by conventional methods is possible, onlymolecular methods allow identification of the gene responsible for the resistance. Theobjective of this retrospective study was to identify the blaCTX-M2, blaPER-2, blaSHV, blaTEMgenes in ESBL-producing enterobacteriaceae isolates, recovered from clinical samples collected between July 2007 and April 2008, from two reference hospitals in Asunción,Paraguay. Molecular gene detection was performed by polymerase chain reaction usingspecifics oligonucleotides. Out of the tested 232 ESBL-producing isolates, 83% (n=192)carried at least one of the bla genes as follows; 49% (94/192) blaCTX-M2, 45% (86/192)blaSHV, 40% (77/192) blaTEM and 7% (13/192) blaPER-2. In the rest 17% (n=40) none of thegenes included in this study was detected; in 47% (90/192) more than one gene wasdetected, resulting blaCTX-M2 + blaTEM + blaSHV as the most frequent combination in 32isolates. The presence of blaCTX-M2, as the most frequent codifying genes of BLEE is inagreement with previous reports in Paraguay and Argentina. This is the first report of thepresence of blaTEM and blaSHV circulating in Paraguay. It is of much importance the study ofothers codifying resistance genes, taking into account the emergence of other BLEE in theregion, such as blaCTX-M15, predominantly with ceftazidimase activity.

Síndrome diarreico agudo causado por Campylobacter spp. en pacientes menores de 11 años y su resistencia antimicrobiana a las drogas de elección para tratamiento 2010-2012, Paraguay / Acute Diarrhea Syndrome from Campylobacter spp. in Patients under Age 11 Years and Resistance to Drugs of Choice in Paraguay, 2010-2012

Objetivos: Determinar la prevalencia de Campylobacter spp. en pacientes menores de 11 años con síndrome diarreico agudo e indagar la resistencia antimicrobiana con respecto a las drogas de elección para el tratamiento clínico con Ciprofloxacina, Eritromicina y Tetraciclina. Materiales y Métodos: Se realizó un estudio descriptivo, retrospectivo de corte transverso, muestreo no probabilístico de casos consecutivos, cuya muestra tiene un tamaño de 1110 con un nivel de confianza de 95%. La población estudiada fue de pacientes pediátricos menores de 11 años cuyas muestras de heces fueron remitidas por las instituciones integrantes de la Red de Enteropatógenos al Laboratorio Central de Salud Pública en el periodo 2010-2012. Resultados: De 1110 muestras de heces estudiadas se aislaron Campylobacter spp. en 176 de ellas y corresponde al 16% de prevalencia. Se observó resistencia a las quinolonas en un 49 % de las muestras estudiadas, así como una resistencia a Tetraciclina del 28% y 1% de resistencia a los macrólidos (Eritromicina). Conclusión: Se observó una prevalencia importante de Campylobacter spp. como agente etiológico de síndrome diarreico agudo y es relevante la incorporación del aislamiento de este patógeno como agente etiológico rutinario en los análisis de coprocultivos realizados. La resistencia observada a las drogas de elección utilizadas como tratamiento nos obliga a tener en cuenta el control del uso indiscriminado de antimicrobianos

Molecular characterization of methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates collected in Asunción, Paraguay.

We characterized 34 methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains isolated in Paraguay in 2005. The strains belonged to two clones. The major clone (sequence type 5 [ST5] or ST221, spa type t149, staphylococcal cassette chromosome mec [SCCmec] type I) was similar to the Cordobes/Chilean clone spreading through South America, and the minor clone (ST239 or ST889, spa type t037, SCCmec type IIIA) was related to the Brazilian clone.